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*Ubuntu 初期設定 [#ecf91c27]
- モニタを繋いでコンピュータの名前等を設定
-- あなたの名前 → 共有の場合も担当者の名前で良いと思います。
-- ブータブルUSBの作成 → 閉じる
- ip アドレスを固定
++ [[ネットワーク設定ページ>UTAPwiki/計算機/ネットワークの設定]]で空いている ip アドレスを確認
++ LAN ケーブルを接続
++ 右上の電源マークから 設定>ipアドレス設定>IPv4 で ip アドレスを指定。DNS とかも設定必要
++ 再起動して ip アドレスが割り当てられていることを確認
- ssh の設定
++ ssh がインストールされているかどうか確認
$ dpkg -l | grep ssh
++ ssh サーバを入れる（参考：https://codechacha.com/ja/ubuntu-install-openssh/）
$ sudo apt-get update
$ sudo apt install openssh-server
$ sudo systemctl status ssh
$ sudo ufw status
--（注）utap 内部の ip アドレスの場合は、utap 内部からのみ ssh 接続可能。外部にいるときは VPN が必要
--（注）utap 外部からも ssh 接続したい場合や、utap 外部の ip アドレスを使用する場合は、理学部物理技術室ネットワーク担当に連絡
- スリープ機能を無効にする
$ sudo systemctl mask sleep.target suspend.target hibernate.target hybrid-sleep.target
-- 参考：https://qiita.com/daisei0311/items/3b32a16faf3c2de826b9
- 初期インストール
-- vim
$ sudo apt install vim
-- nvidia-smi でエラーが出たので nvidia ドライバ再インストール
$ sudo apt-get --purge remove '*nvidia*'
$ sudo apt update
$ sudo ubuntu-drivers autoinstall
$ sudo reboot
- ディスク設定
++ 物理的に接続されているディスクを確認（参考：http://www.math.kobe-u.ac.jp/HOME/kodama/tips-mount-optinos.html）
$ sudo fdisk -l
++ utap-gpu1 の場合（入荷時すでにRAID構成ずみ）：
--- /dev/sda, /dev/sdb, /dev/sdc が 11TB
--- /dev/md126 が 22TB → RAIDアレイ
++ RAID デバイス情報は下記コマンドで確認。mdadm で status が clean か active になっていれば OK（復旧についての参考：https://qiita.com/electrical-frog/items/0ef7cb9770e189b31662）
$ cat /proc/mdstat
$ sudo mdadm --detail /dev/md126
++ ファイルシステム作成・マウントポイント作成・RAID デバイスをマウント
$ sudo mkfs.ext4 /dev/md126 （ext4 でフォーマットする場合。扱う個々のデータが大きい場合はXFSとかも良いらしい）
$ sudo mkdir -p /mnt/data
$ sudo mount /dev/md126 /mnt/data
++ マウント状態を確認・RAID デバイスの UUID を取得
$ df -h
$ sudo blkid /dev/md126
++ /etc/fstab に sudo で開いて下記追加
UUID=xxxx-yyyy-zzzz /mnt/data ext4 defaults 0 2
++ 設定を反映
$ sudo mount -a
++ 読み書き設定を変更。（セキュリティ的に 770 にして、shared_data グループのユーザのみ使えるように設定）
$ sudo chmod 770 /mnt/data
$ sudo groupadd shared_data
$ sudo chown :shared_data /mnt/data
$ sudo reboot
- その他
-- ユーザーを追加（adduser だとホームディレクトリがデフォルトで作られないので注意）。
$ sudo useradd -m [username]
$ sudo passwd [username]
-- ユーザーを追加（useradd だと個人情報ホームディレクトリがデフォルトで作られなかったりユーザ情報の入力が出ないので注意）。電話番号は特にいらない気がする。その代わりその他のところにメールアドレスを記載するとよい。
$ sudo adduser [username]
$ sudo usermod -aG shared_data [username] （/mnt/data にアクセスできるようにする）
$ sudo usermod -c "Full Name,room number,,,contact adress" [username] （ユーザ情報を記録）
-- ユーザ情報を変更
$ sudo passwd [username] （パスワードを変更）
$ sudo usermod -c "Full Name,room number,,,contact address" [username] （ユーザ情報を変更）
*ソフトウェア [#x605e9c4]
**mathematicaのインストール [#lccfc100]
[問題1]
mathematicaをインストールしたpcにmacからリモートでログインしようとすると、
xset: bad font path element (#68), possible causes are:
Directory does not exist or has wrong permissions
Directory missing fonts.dir
Incorrect font server address or syntax
というエラーが出て起動しない。
[解決策1]
mathematicsの入ったサーバーマシンのアドレスを pc148、クライアントマシンのアドレスを pc169 とする。
pc148にrootでログインして、
/etc/X11/fs/config
をテキストエディタで開いて、
catalogue = /usr/X11R6/lib/X11/fonts/misc:unscaled,
/usr/X11R6/lib/X11/fonts/75dpi:unscaled,
/usr/X11R6/lib/X11/fonts/100dpi:unscaled,
/usr/X11R6/lib/X11/fonts/misc,
/usr/X11R6/lib/X11/fonts/Type1,
/usr/X11R6/lib/X11/fonts/Speedo,
/usr/X11R6/lib/X11/fonts/cyrillic,
/usr/X11R6/lib/X11/fonts/TTF,
/usr/share/fonts/default/Type1,
/usr/local/Wolfram/Mathematica/5.1/SystemFiles/Fonts/Type1 <-- 追加した
/usr/lib/openoffice/share/fonts/truetype,
/usr/share/fonts/ja/misc:unscaled,
/usr/share/fonts/ja/misc,
/usr/share/fonts/ja/TrueType
のようにmathematicaのfontを追加する。さらに、
# don't listen to TCP ports by default for security reasons
no-listen = tcp
で、フォントサーバーはローカル以外からは参照できない設定になっているので、この2行めをコメン トアウト
# don't listen to TCP ports by default for security reasons
# no-listen = tcp
して、ローカル以外からも参照できるようにする。
xfs を再起動する。
# /etc/rc.d/init.d/xfs restart
その後、pc169側で上で設定したフォントサーバーを参照するように設定する。
$ xlsfonts | wc -l
3228
$ xset fp+ tcp/pc148:7100
$ xset fp rehash
$ xlsfonts | wc -l
6508
ただし、ここで $ xlsfonts | wc -l は、使えるフォントの数を表示させているだけで、設定後に確かに増えていることを確認するためにやっている。
[問題2]
Linuxにインストールしたmathematicaをローカルで起動させようとすると、どでかいダイアログが開いて、
Mathematicaの起動中にエラーが起きました。(以下略)
と怒られる。
エラーメッセージは、よくわからない文字化けのため解読不能。
[解決策2]
不明
**intel fortran [#n452ad1f]
+インテル社のホームページ
http://www.intel.com/jp/index.htm
=>インテル® ソフトウェア・ネットワーク
http://www.intel.com/jp/software/index.htm
=>Non-Commercial Software Development
http://www3.intel.com/cd/software/products/asmo-na/eng/download/download/219771.htm
=>accept
=>Intel® Fortran Compiler Professional Edition for Linux
https://registrationcenter.intel.com/RegCenter/NCOMForm.aspx?ProductID=1174
で申し込み。
+指示された場所でファイル(例えばl_cprof_p_11.0.081_intel64.tgz)をとってきて、
$tar xvzf l_cprof_p_11.0.081_intel64.tgzl_fc_p_10.1.015.tar.gz
などで解凍。
+インストール(対話式)。
$ ./install.sh
大抵defaltのままでいける。
+最後に、
$. /opt/intel/Compiler/11.0/081/bin/ifortvars.sh intel64
などで設定。
これで使えるようになるが、この設定はログインの度にやり直さなければいけないので、
.bashrcに書き込んでおくといい。
ドットコマンドは、sourceでもOK。これらは、指定したファイルないに記述されている変数や関数をカレントシェルに展開する。
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